実は昨日ウィジェットでもPHPコードを使えるプラグインを入れたらDBが壊れたという事件が起きたので、ちょうどゆりこさんにご指摘いただいた部分を直そうと考えていたところでした。(そのプラグインについてはもちろんはずしました。)

昨日はサイトを元に戻すのに精一杯だったので、次の休みにでもそちらに取りかかろうと思ってます。
どうもありがとうございます

runPHP
エントリーやページでもPHPが動かせるプラグイン。ページで激しく利用。

これは、各ページごとに「ページテンプレート」を作れば PHP コードが書けるので、runPHP を撤去できると思います。
投稿で PHP コードを書きたいならば runPHP, ExecPHP を使うとか、ショートコードを使うとかが必要ですが、ページならばページテンプレートを作る方が素直でしょう。runPHP プラグインを停止したとき PHP コードが見えてしまうという不具合もないですし。