参考にさせていただいたエントリー

02.25追記
アップグレードは以下の通りにやれば大丈夫だと思います。
うちのサイトもこの方法で特に問題なくできました^^

# WordPressデータベースのバックアップを行う
→バックアップ方法はWordPressサーバ移転まとめを参照
# 使用しているプラグインをすべて無効にする
→私の場合、作業中にスパムに被弾すると嫌だったのでAkismetだけ有効にして作業しましたが、特に問題ありませんでした。
# WordPress 2.1のファイルを上書きアップロード
# [WordPress dif] WP2.1とWP2.0系の差分はこれだ!を参考に、2.1でなくなったファイルを削除
# /wordpress/wp-admin/upgrade.phpにアクセスしてデータベースを書き換える
# 管理画面にログインしてプラグインを一つずつ有効にして表示を確かめる
→問題があったときにどのプラグインが原因か分かるからね。

[ [WordPress] ME 2.0.7から2.1(本家)へクロスアップグレードメモ ≪ Odysseygate.com ]より引用

いらないファイルを削除するときが一番ドキドキしました^^;
この機会にいらないプラグインやテーマを整理するといいかもしれませんね^^

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